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冷凍干燥機凍干法生產可很好地應用在生物制藥上，雖然是醫藥工業的一個小分支，但其重要性正與日俱增。生物藥劑是生物活性物質，對溫度特別敏感，非常不穩定，相互間容易起反應。凍干加工的成功與否很大程度上取決于容器良好的熱傳導性能。基于這個原因，凍干加工過程中使用的容器必須滿足以下要求：
必須由能提供良好熱傳導性能的材料制成，容器的隔熱性越弱越好；為了節省能源，容器應該具有高熱轉化效率，能將冷凍干燥機擱板產生的熱量良好地傳送到容器內。
采用低熱轉移系數材料制成的容器具有非常低的熱傳導效率；容器的形狀，大小或者質量也會影響容器的熱傳導效率；如果在制造容器時使用了過多的材料，這些材料就會成為一道熱屏障，阻止能量傳導進容器。而低熱量傳導率經常會導致產品凍干加工失敗。
例如我們使用血清瓶來裝藥劑，進行冷凍干燥機加工。首先要升華凍結體的表面，這樣下層的冰汽化成氣態后，才能飄出容器；隨著凍干加工的進行，冰逐漸汽化排出容器，升華表面也逐漸往下移動。總的來說，升華表面會自動向下朝血清容器底部，冷凍干燥機向內朝著凍結體中央靠攏。如果容器有明顯的隔熱性，整個升華過程就無法控制；而如果升華過程得不到控制，部分藥劑就會是經過真空干燥而非冷凍干燥。這樣加工出來的藥劑并不具備其應有的性能，其藥劑活性的保持，貨架儲存壽命以及迅速重組等性能都會大打折扣。
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